Próximas a una realidad más crítica, nacidas de las estructuras profesionales que padecen las agresiones, surgen, en muchos casos vinculadas a las grandes organizaciones mundiales de referencia o a las fundaciones protectoras, entidades nacionales allí donde las garantías democráticas no están plenamente establecidas o son en extremo frágiles. En Asia, África y América Latina surgen estas formaciones, a veces producto del voluntarismo de individualidades o pequeños grupos, en otros como estructuras emergentes de una verdadera regeneración profesional, que parte del principio de que no es posible la democracia sin medios libres, sin el nutriente de pluralidad que crea el imaginario democrático y es la savia de la sociedad civil.
Son numerosas las organizaciones nacionales que hacen referencia a la libertad de expresión en América Latina y a la defensa del ejercicio profesional de los periodistas, de acuerdo con criterios que son propios de las sociedades democráticas. Por regla general, estas entidades surgen en la segunda mitad de los 90 y tienen un carácter dominantemente profesional. En unos casos, desarrollan valores argumentativos sobre la libertad de expresión; en otros, plantean mecanismos de acción, mediante la denuncia de las agresiones de todo tipo que se producen en la mayoría de las naciones de la zona. Paradójicamente, en una región con amplia implantación de entidades académicas relacionadas con la comunicación y el periodismo, las posiciones críticas son hoy menos frecuentes. A pesar de la tradición teórica de numerosas escuelas y facultades, sus preocupaciones presentes se centran actualmente, de manera preferente y en la mayoría de los casos, en la rutinas constructivas del discurso de la actualidad y en el uso de las nuevas tecnologías.

De ámbito regional

Periodistas Frente a la Corrupción (PFC) nació en 2000 y proporciona recursos, asistencia y otros servicios a los periodistas y medios que investigan o hacen reportajes sobre la corrupción, por considerar que no es posible separar en América Latina la anticorrupción de la promoción del acceso a la información pública y la libertad de expresión. También hace un seguimiento de la libertad de expresión y ofrece respaldo a los periodistas y medios cuando sufren represalias o enfrentan decretos, leyes y fallos que socavan su labor. Esta iniciativa, de carácter regional, está administrada por la organización Probidad, con sede en El Salvador, que cuenta con una red de más de 600 periodistas de los países hispano hablantes de la región. PFC establece en sus objetivos que los medios deberían liderar en América Latina la batalla anticorrupción, investigando y llevar a la luz pública conductas inapropiadas en el Gobierno.

México

En 1996 nació en México Periodistas de Investigación, como extensión de un proyecto internacional destinado a establecer una red de cooperación y mejoramiento de la profesión periodística en México y América Latina. Uno de sus objetivos es defender y profundizar en los valores de la libertad de expresión y el derecho a la información. Está vinculado a Investigative Reporters and Editors (IRE), organización creada en Reston, Virginia (USA) en 1975.
El espacio virtual Sala de Prensa dedica, de manera regular, atención a la libertad de expresión y el derecho a la información, con trabajos que atienden diversas realidades del ámbito latinoamericano. Se trata de un proyecto independiente, no lucrativo, sostenido con trabajo voluntario de periodistas de varios países de América y Europa. Su principal meta es impulsar la libertad de prensa, la libertad de expresión y el derecho a la información en la región, mediante la promoción de la ética, la investigación, la precisión y el uso de nuevas tecnologías en el ejercicio periodístico iberoamericano, así como la protección de los periodistas.
El Centro Nacional de Comunicación Social (Cencos) fue creado en 1964, como organización civil independiente, destinada a promover la libertad de expresión y defender el derecho a la información entre las capas sociales más desfavorecidas. Está vinculada a planteamientos religiosos ecumenistas. Desde 1970 investiga y denuncia las agresiones contra los medios y los periodistas. En 1996 publicó el informe "La represión de la prensa en México (1988-1996)", con referencia a 645 casos. En 1997 creó la Red de Protección a Periodistas y Medios de Comunicación como un esfuerzo para las organizaciones de periodistas y de derechos humanos cuyo objetivo común es "constituir una instancia que permita prevenir, investigar y difundir los agravios a periodistas con la intención de impedir que tales agresiones queden impunes". La red está constituida por diversas entidades mexicanas, entre las que se encuentran, además de Cencos, la Academia Mexicana de Derechos Humanos, Coyuntura-Reporteros en Proceso, la Fundación Manuel Buendía (FMB) -que publica informes anuales sobre la situación de la libertad de prensa en el país- y el Sindicato Nacional de Redactores de la Prensa. La FMB cuenta con una Unidad de Seguimiento y Análisis de la Libertad de Expresión.
En 2000 se creó la Fundación Información y Democracia (FIDAC), destinada a suscitar el debate civil sobre la libertad de expresión y el derecho a la información en México, y está integrado por personalidades del mundo de la comunicación, con el apoyo de la estadounidense National Endowment for Democracy y la germana Fundación Konrad Adenauer. Trata, según señala en su declaración de intenciones, de "fomentar los derechos y libertades civiles y políticas consagradas en las convenciones y normas internacionales con especial énfasis en las libertades de expresión e información, decisivas para la consolidación a la democracia en el país".
En agosto de 2002, se dio a conocer la Asociación Civil Libertad de Información como una propuesta de convergencia en los mínimos que unen a distintos sectores de la comunidad mexicana, "preocupados por la libertad de información y sus implicaciones en el derecho a saber de los mexicanos, bajo nuevas reglas de conducta social que rechazan la simulación, la manipulación y el uso de los intereses generales para beneficios personales", según se expresa en la página web de la entidad (v. objetivos).
Por último, en 2003, se creo el Centro de Periodismo y Ética Pública (CEPET). Una organización sin ánimo de lucro no vinculada a partidos políticos. Matiene la red de profesionales más importante del país. Es colaboradora del Knight Center for Journalism y publica informes anuales sobre la situación de la libertad de expresión en el país.

Centroamérica

En 1994, se creo Probidad en El Salvador, organización ciudadana anticorrupción que, a través de un blog, realiza un seguimiento diario de análisis de la libertad de expresión y la prensa libre y se pronuncia a favor de periodistas represaliados. En abril 2001, la Asociación de Periodistas de El Salvador (APES), la Fundación de Estudios para la Aplicación del Derecho (FESPAD) y Probidad integraron un Consorcio de la Libertad de Expresión en El Salvador. Su principal objetivo es analizar, registrar y denunciar los abusos y violaciones contra la libertad de expresión e impulsar reformas y mecanismos para garantizar y defender la libertad de expresión. Realizan un informe anual sobre el país (v. informe).
Desde el año 2002 trabaja para el desarrollo de la libertad de expresión en la región la Fundación Violeta Chamorro de Nicaragua. La Fundación, creada y presidida por la expresidenta, realiza proyectos de investigación sobre el acceso a la información pública, la transparencia informativa y la situación de la libertad de prensa en el país.

Colombia

En Colombia, la nación más castigada por los asesinatos de periodistas, se creó en 1996 la Fundación para la Libertad de Prensa (FLIP), encabezada por Gabriel García Márquez, con el fin de desarrollar actividades destinadas a promover y garantizar la libertad de prensa, el libre acceso a las fuentes de información y la protección de la vida e integridad de los periodistas en el ejercicio profesional. La FLIP colabora con las autoridades judiciales, administrativas y policiales con objeto de proteger la vida e integridad del periodista y para evitar que las agresiones y atentados no queden impunes. Asimismo, promueve la una red de alerta sobre las violaciones de la libertad de expresión y los ataques a periodistas (v. informes 1998-2007).
En 1998 se creó Prensa Libre, un foro de denuncia de las agresiones a periodistas en el país a través de artículos temáticos. Ese mismo año se estableció Medios para la Paz, una organización que reúne a más de 300 periodistas, bajo el propósito de crear una cultura de paz en los medios de comunicación colombianos, y dotar a los profesionales de instrumentos de defensa frente a los actos de violencia e injerencias en su labor. "Los asesinatos y amenazas contra periodistas -se señala en la página web de la organización-, además de los dramas personales que conllevan, multiplican el miedo y la autocensura, poniendo en peligro la fundamental misión del periodismo: el derecho a la información.

Brasil

El Fórum Nacional pela Democratização da Comunicação de Brasil fue creado en 1991 como movimiento que pasó a tener personalidad jurídica en 1996. El Fórum integra entidades de la sociedad civil para hacer frente a los problemas de la comunicación en el país. En su VIII Asamblea Plenaria de 2001, celebrada en Brasilia, este organización reafirmó su determinación de elaborar un programa para el sector de la comunicación inspirado en los valores de la cultura democrática, la ciudadanía y la nación brasileña. Asimismo, se manifestó frente a las normas legales que liberalizan el sector y permiten la compra de medios por grupos extranjeros.
En el Fórum participan, entre otras, la Central Única dos Trabalhadores (CUT), la Federação Nacional dos Jornalistas (FENAJ), la Sociedade Brasileira de Estudos Interdisciplinares da Comunicação (INTERCOM), la Federação Interestadual dos Trabalhadores em Empresas de Radiodifusão e Televisão (FITERT), la Executiva Nacional dos Estudantes de Comunicação Social (ENECOS), etc.
Otra visión de la libertad de expresión, que busca fomentar la responsabilidad sociales de los periodistas se encuentra en el proyecto SOS Imprensa, de la Facultad de Comunicación de la Universidad de Brasilia.

Perú

El Instituto Prensa y Sociedad (IPYS) fue creado en 1993 por periodistas y editores peruanos como foro independiente para "defender y promover las libertades de prensa y expresión, en el marco de los derechos humanos, y para reforzar el rol de los medios de comunicación en la construcción de un Estado democrático en el Perú y en otros países de la región andina". Para llevar a cabo sus objetivo, el IPYS trabaja con el International Freedom or Expression Echange (IFEX), de cuyo consejo internacional forma parte. En 1998 creó el servicio permanente La Red, de ayuda a periodistas en situaciones de emergencia.
También en Perú, son diversas las iniciativas registradas en los últimos años. En 1997 se creó en Lima el Consejo de Prensa Peruana (CPP), destinado a "defender la libertad de expresión y promover la ética y la responsabilidad en el ejercicio periodístico". Sin embargo, actualmente su página web se encuentra bloqueada "por terceras personas", según anuncian ellos mismos, por lo que no se puede acceder a sus informes más actuales.
La Asociación Nacional de Periodistas de Perú (ANP), creada en 1928, se convirtió en los años 90 en una organización muy activa en la defensa de la libertad de expresión y el desarrollo de la función social de los periodistas. Desde 1998 edita el semanario Crónica Viva, en el que se abordan los problemas de la ética, la corrupción y las violaciones de los derechos en el ámbito de la comunicación social. Asimismo, cuenta con una Oficina de Derechos Humanos del Periodista (OFIP), que recibe denuncias de periodistas peruanos que proporcionan información sobre actos de corrupción tanto en el sector público como en el sector privado y que en represalia generalmente reciben acusaciones judiciales por supuestos delitos de difamación y calumnia.