El Centro Internacional de Estudios Superiores de Comunicación para América Latina (CIESPAL) es la organización especializada más antigua de las existentes. Fundada en 1959, tiene su sede en Quito (Ecuador). Trabaja en programas para "el desarrollo y democratización de la comunicación, información y cultura latinoamericana, a través de actividades en investigación, formación profesional, documentación y producción de materiales educativos". Posee un amplio fondo documental destinado a profesionales y estudiosos de la comunicación.
La Federación Latinoamericana de Facultades de Comunicación Social (FELAFACS) fue creada en 1981 y tiene el carácter de organismo internacional no gubernamental, con sede en Lima (Perú). Agrupa a más de 300 Facultades y Escuelas de Comunicación universitarias dependientes de 21 países de América Latina. Entre sus líneas de trabajo, cuenta con una línea permanente de derecho de la información y monitereo de la situación de los medios en cada país. Organiza cada tres años el Encuentro Latinoamericano de Facultades de Comunicación Social y anualmente encuentros y seminarios regionales y nacionales. La FELAFACS cuenta, desde su creación, con el apoyo la fundación demócrata cristiana Konrad Adenauer, entidad germana que desarrolla el programa Medios de comunicación y democracia en América Latina, que parte del principio de la defensa de la libertad de expresión. Promueve la revista Diálogos de la Comunicación.
En Brasil tiene su sede la Asociación Latinoamericana de Investigación de la Comunicación (ALAIC), creada en 1978 como organización internacional afiliada a la International Association for Media and Communication Research (IAMCR/ AIERI).
La Escuela de Periodismo de la Universidad de Chile desarrolla un programa especial interdisciplinar sobre Libertad de Expresión en este país del Cono Sur, con el patrocio de la Fundación Ford. El Programa de Libertad de Expresión fue el resultado de una iniciativa del Departamento de Ciencias y Técnicas de la Comunicación y la Escuela de Periodismo de la Universidad de Chile implementado a partir de 1999. Durante sus primeros años de vida, el programa se centraba en la existencia de "prácticas de censura - explícita o implícita - que han persistido después de la dictadura" así como la "presión indebida de los llamados poderes fácticos, que influyen muchas veces sobre la elaboración de la agenda noticiosa". Denunciaba la "desidia de la sociedad civil, que juzga que este asunto es propio de comunicadores, artistas, intelectuales y políticos y que no le atañe a ella mayormente". Después del periodo fundacional, el programa se ha reciclado pues afirma que la situación de la libertad de expresión ciertamente ha experimentado cambios positivos en Chile. Tanto en el campo legal, como en la conciencia profesional y también en la percepción social, el tema de la libertad de expresión ha cobrado relevancia no sólo teórica, sino también práctica. Por ello, a las primeras líneas de investigación ha añadido las nuevas situaciones que actualmente más impiden el real desarrollo de la libertad de prensa .
En 1981 se creó en La Paz la Asociación Boliviana de Investigadores de la Comunicación (ABOIC), que presta especial atención al estudio del papel que juegan los medios en los procesos de democratización en Bolivia. ABOIC es miembro de la Asociación Latinoamericana de Investigadores de la Comunicación (ALAIC).
En Panamá radica el Centro Latinoamericano de Periodismo (CELAP), integrado por periodistas, empresarios de los medios y profesores de comunicación. Dice centrar su esfuerzo en el desarrollo de una prensa "libre y responsable" en las naciones de América Latina. Fue creado en 1987, a partir de un proyecto de la Escuela de Periodismo y Comunicaciones de la Universidad Internacional de Florida (USA), destinado a crear el mayor programa de formación de periodistas y fortalecer la libertad de prensa en la zona.
En 1988 se creó en Quito (Ecuador) el Centro de Investigación de la Comunicación Colectiva del Ecuador (CICCE). Integrado por profesionales de la comunicación, realiza Investigaciones y estudios sobre los medios de comunicación social en los procesos de desarrollo económico, social, político, cultural, educacional del Ecuador
En Cartagena de Indias (Colombia), bajo los auspicios del escritor Gabriel García Márquez y con el apoyo de la UNESCO, se creó a mediados de los 90 la Fundación para un Nuevo Periodismo Iberoamericano (FNPI), un centro que tiene como objetivo "contribuir a la búsqueda de la excelencia a partir de los valores propios de la ética periodística".

Otras

La Organización de Periodistas en Internet (OPI) fue creada en 1997 por profesionales de la información que comparten su condición de periodistas, hispanohablantes y usuarios de Internet. Se dedica a "promover el acceso de los periodistas a nuevas tecnologías de comunicación y defender la libertad de información y de expresión" a través de su publicación Opinar.
En 1998 se creó en Chile la Asociación de Periodistas Digitales, destinada a promover el uso de los recursos de Internet en el periodismo, con una actividad decreciente en los dos años posteriores. En la actualidad, su actividad se reduce a una página web de información especializada en comunicación escasamente actualizada.
En Brasil, además de un amplio movimieto sindical entre los profesionales del periodiodismo, integrados en la Federação Nacional de Journalistas (FNJ), organizaciones como el Instituto Gutenberg o el Observatório da Imprensa dedican atención habitual a los problemas de la libertad de expresión en el país.
En Guatemala, Alianza Contra la Impunidad, integrada por 23 organizaciones relacionadas con la defensa de los derechos humanos (v. correo).
En Costa Rica se creó en 2001 Democracia Digital, iniciativa cívica, pluralista y sin fines de lucro, empleando la tecnología de la información para el desarrollo de la cultura democrática. Publica informes semanales sobre la libertad de prensa.
En Honduras existe un Comité de Familiares de Detenidos Desaparecidos en Honduras (COFADEH), que opera desde los 80 y que, durante los últimos años, se ocupa también de problemas relacionados con la seguridad de los periodistas y los atentados contra la libertad de expresión.