Nació en Otterville, Ontario, Canadá, en 1894, hijo de una familia de granjeros. Estudió en la McCaster University de Hamilton, con una interrupción militar durante la Primera Guerra Mundial que le llevó a Francia. Amplió sus estudios en ciencias políticas y se doctoró en Estados Unidos, en la Universidad de Chicago, donde fue discípulo Robert E. Park y George Herbert Mead, que suscitaron su interés por la comunicación.
En 1920 comenzó su carrera docente en el Departamento de Política Económica de la Universidad de Toronto, del que fue su director (1937) y en donde desarrolló toda su actividad académica. En 1947 fue nombrado decano de Estudios Superiores de la Universidad. Aquí realizó sus numerosas investigaciones sobre la historia y política económica de Canadá y el papel jugado por diferentes sectores en su definición estructural a través de las vías de comunicación, el transporte, las fronteras, etc., así como las demandas comerciales de los mercados exteriores. En 1930 publicó unos de sus más importantes trabajos, The Fur Trade in Canada. An Introduction to Canadian Economic History, una historia social que arranca del choque entre las culturas indígenas y el asentamiento colonial y aborda la formación económica del país y la pugna de intereses que marcan el proceso; diez años después, publica The Cod Fisheries. The History of an International Economy y, en 1946, Political Economy in the Modern State. Sus trabajos sobre el desarrollo de la economía canadiense aparecen relacionados con los de W. A. Mackintosh (1895-1970).
En la Universidad de Toronto estableció una estrecha relación con Marshall McLuhan, diecisiete años más joven que él, que obtuvo una cátedra en el St. Michael’s College en 1952, el mismo año de la muerte de Innis.
En 1945, al concluir la Segunda Guerra Mundial, viajó a la URRS y recogió las impresiones en The Russian Diary (H. Innis Foundation, Toronto, 1981).
Los últimos trabajos de Innis, publicados poco antes de su fallecimiento, se centraron en aspectos relacionados con la comunicación: Empire and Communications (University of Toronto Press, Toronto, 1950.), The Bias of Communication (The Bias of Communication, University of Toronto Press, Toronto, 1951) y Changing Concepts of Time (University of Toronto Press, Toronto, 1952).
En 2000 se publicó el libro de Charles R. Acland y William J. Buxton (eds.), Harold Innis in the New Century. Reflections and Refractions.

Innis hace un recorrido histórico desde el antiguo Egipto hasta nuestros días para conocer la relación existente entre poder y expansión económica y política y el desarrollo de las vías y sistemas de comunicación e información, incluida la lengua como elemento vertebrador y de fijación de las marcas expansivas.
Innis establece una doble división de los medios: los que están ligados al tiempo (manuscritos, comunicación oral) y los que están ligados al espacio, esto es, a la diseminación espacial que proporcionan los soportes tecnológicos (desde la imprenta a los medios electrónicos).
La importancia de estos trabajos es extraordinaria, ya que para muchos analistas la obra de Innis, que precede a la de McLuhan, es la que inspira y guía al propio McLuhan, que la sintetiza y le da una expresión divulgativa y mediática, pero al tiempo inaugura las formas de análisis estructural de los procesos en los que se inscribe el fenómeno de la comunicación. La obra de Innis establece las bases de los modernos estudios en comunicación, trazados desde las relaciones de dependencia entre los factores históricos, sociológicos, políticos y económicos.
El determinismo tecnológico que se atribuye a la obra de McLuhan está presente en la obra de Innis, que prevé los efectos de una concepción paleo-globalizadora, derivada de un desarrollo tecnológico capaz de concentrar y controlar los flujos de información y, a la vez, a través de los nuevos medios ligados al espacio, como instancia de extensión geográfica del poder económico. También, como instrumento de control del pensamiento. La tecnología aparece relacionada con la expansión económica y con los centros políticos dominantes. “La aplicación del poder a las industrias de la comunicación –escribió Innis- aceleró la consolidación de las lenguas vulgares, el nacimiento del nacionalismo y los recientes estallidos del salvajismo en el siglo XX", en referencia a la segunda guerra mundial.
Desde una visión pesimista, entendía que los medios estaban lastrados en su acercamiento a la realidad por los intereses dominantes, por lo que estaban sujetos a una dependencia sutil de los poderes económicos y políticos.