Nacido en Chambéry, Francia, estudió filosofía y letras en las universidades de Grenoble, Lyon y París. A los 25 años ingresa en la Compañía de Jesús, ordenándose sacerdote católico en 1956. Doctor en teología por La Sorbona de París (1960), sus primeros trabajos giran en torno a la historia de la Compañía de Jesús y a la mística renacentista. Fundador y director de la revista Christus. Influenciado por las corrientes psicoanalíticas de Freud, fue, junto con Lacan, uno de los fundadores de la Escuela Freudiana de París. Profesor en las universidades de Ginebra, San Diego y París. Cercano a Michel Foucault, más por amistad que por coincidencia en el discurso, su proyección pública se acentuó notablemente después de apoyar la revuelta estudiantil parisina de mayo de 1968. Fue director de estudios de l'Ecole des Hautes Études et Sciences Sociales de Paris.
Autor, entro otros libros, de La solitude, une vérité oubliée de la communication, con François Roustang y otros (1967); La prise de parole. Pour une nouvelle culture (1968); La possession de Loudun (1970); L’absent de l’histoire (1973); La culture au pluriel (1974); L’invention du quotidien 1. Arts de faire (1974); L’Ecriture de l’histoire (1975); Une politique de la langue. La Révolution française et les patois: l’enquête de Grégoire, con Dominique Julia y Jacques Revel (1975); L'Invention du quotidien 2. Habiter, cuisiner, con Luce Giard y otros (1980); L’ordinaire de la communication, con Luce Giard y otros (1983). En lengua española se han editado, entre otros: La escritura de la historia, UIA-Iteso, México, 1993; La toma de la palabra y otros escritos políticos, UIA-Iteso, México, 1995; La invención de lo cotidiano 1. Artes de hacer, UIA-Iteso, México, 1996; Historias de cuerpos, en Historia y grafía, UIA-Iteso, México, 1997; Historia y psicoanálisis, UIA-Iteso, México, 1998; La cultura en plural, Nueva Visión, Buenos Aires, 1999.

Los trabajos de Certeau han alcanzado una gran proyección internacional en el campo de los estudios culturales, especialmente los referidos a la vida cotidiana, la sociedad de consumo y los usos mediático-culturales. Aborda las prácticas sociales y su mecánica constructiva, sujeta a hábitos y modas que se repiten en la historia y de la que no siempre existe conciencia de su naturaleza envolvente. Estos planteamientos evocan en cierto aspecto el concepto de hegemonía cultural de Gramsci. Cuestiones que trata en el que es probablemente su libro más sugerente y traducido, L'invention du quotidien (La invención de lo cotidiano), cuyo primer volumen apareció en Francia en 1974. Es en el espacio urbano donde se tejen las 'estrategias' de las instituciones y enclaves de poder, a modo de construcción del mapa relacional de influencias e intereses en el que se inscriben las vidas individuales. La comunicación, los medios, aparecen como expresiones de las 'estrategias' de colonización y dominio, pero también como instancia de interacción, como plano o guía de la razón de ser cotidiana. Certeau introduce muchas de las claves de los nuevos estudios culturales y los procesos de recepción (La culture au pluriel, 1974), con clara influencia en autores como Fiske. Traslada el núcleo de su análisis al perceptor o usuario de los productos culturales, que no aparece como un ser inerme, sino como audiencia activa -la gente no es idiota, advierte-, que desarrolla 'tácticas' de negociación en sus usos mediático-culturales, respuestas de contra-poder, prácticas furtivas, instancias de interacción social, bifurcaciones de libertad y supervivencia.... En definitiva, es el 'arte de vivir' del 'hombre ordinario'.