Colombia ha sido durante años el país más peligroso para la libertad de prensa en Latinoamérica. Desde 2007 se ha registrado un reseñable descenso en el número de periodistas asesinados, con una víctima en cada ejercicio. Además de por este motivo, el país ha registrado una mejora en la puntuación dada por Reporteros Sin Fronteras debido al inicio de algunos procesos judiciales contra asesinos de periodistas y por la tramitación de algunas iniciativas legales destinadas a proteger a los profesionales. Sin embargo,  aunque las cifras son indiscutiblemente mejores con respecto a otros años, cabe seguir afirmando que Colombia es un lugar donde resulta muy difícil informar con libertad y la autocensura se instala entre los periodistas que se ven amenazados por las guerrillas o los paramilitares.

La Fundación para la Libertad de Prensa (FLIP) Nobel de literatura Gabriel García Márquez en la Fundación para un Nuevo Periodismo Iberoamericano (FNPI), es la organización que dedica una cobertura mayor a la situación de la libertad de prensa en Colombia. Las cifras que ofrece sobre el año 2008 son mejores que las de 2007: registró 130 violaciones a la libertad de prensa. Esta cifra representa una disminución de aproximadamente 20% en comparación con 2007, año en el que la FLIP registró 162 violaciones. Los 130 casos registrados en 2008 involucraron 181 víctimas: 133 hombres, 35 mujeres y 13 medios de comunicación.

Los departamentos de Santander, Tolima, Valle del Cauca, Nariño y Sucre encabezan la lista de regiones donde se presentaron mayor número de violaciones a la libertad de prensa. Mención aparte merece Bogotá, donde se registró el mayor número de casos, pero la institución reconoce que esto obedece al alto nivel de monitoreo, la mayor concentración de medios de comunicación y mayor número de periodistas en ejercicio.

Tras la investigación del político y periodista Manuel Antonio Macías Carrera, el 9 de febrero en el municipio del Algeciras (Huila), algunas instituciones han afirmado que el crimen no debe ser considerado un atentado contra la libertad de prensa sino que está más motivado por la labor política del asesinado. Según informa la Federación Internacional de Periodistas (FIP) el reportero, socio fundador de la Asociación de Periodistas del Huila (ASPEHU), afiliada a la Federación Colombiana de Periodistas (FECOLPER), además de director “Gente Nueva”, programa diario que se emitía por la emisora Sur colombiana de Neiva, era concejal del municipio de Algeciras por el partido Unión Indígena Afrocolombiana. La Asociación de Periodistas del Huila ha repudiado y condenado en un comunicado el asesinato de Macías Carrera por considerar el hecho una afrenta al ejercicio de la profesión en la región y el país, al libre ejercicio del trabajo y a la dignidad del ser humano.  Reporteros Sin Fronteras (RSF) informa de que el gobierno ha atribuido el asesinato a la guerrilla y se pregunta: “¿Han asesinado al periodista, que en un tiempo se dedicaba a su profesión, o al político? La acumulación de ambas actividades ha podido costar la vida a Manuel Antonio Macías Carrera, en un contexto político local muy tenso y alimentado por la presencia de las FARC en la región. La investigación debe evitar dos escollos: la exclusión a priori de la pista profesional y una imputación excesivamente rápida del asesinato a manos de la guerrilla por el ejercicio político de la víctima, caso en el cual el proceso judicial podría caer en la impunidad”.
Cabe mencionar, en este apartado, que el 24 de mayo fue encontrado muerto el periodista Carlos Humberto Jiménez, en Cali, en el Valle de Cauca. El asesinato, según las autoridades, tiene móviles personales. El periodista había sido corresponsal del periódico El Tiempo en Cali.
FLIP se felicita del retroceso en el número de crímenes contra periodistas pero repite, al igual que el resto de instituciones que monitorean la libertad de expresión en el país, a que sin duda responde en gran medida a la autocensura que practican los periodistas que se ven atemorizados por las guerrillas de las FARC y los paramilitares de derecha. Por ello, este año han disminuido los atentados pero han aumentado las amenazas. Por teléfono o por correo electrónico, es un procedimiento habitual para ejercer presión contra los periodistas que deciden investigar temas sensibles. FLIP reconoce, en su informe anual, que se han registrado 72 amenazas a periodistas  y que ello ha causado que 12 profesionales se exilien, junto con sus familias, a otro país o región para proteger sus vidas.

Las agresiones y las obstrucciones al trabajo periodístico siguen siendo, detrás de las amenazas, una de las formas más comunes de impedir la labor de la prensa y de tomar represalias por informaciones publicadas. En el 2008, FLIP señala 31 tratos inhumanos o degradantes, entre los que se incluyen agresiones físicas y verbales, y 21 obstrucciones. La comparación de estas cifras con las de 2007 (37 tratos inhumanos y 25 obstrucciones) dejan ver que no hay grandes avances en este campo. Afirma, sin embargo, que en 2008 se presentaron varios agravantes, como el incremento de las agresiones contra periodistas por parte de funcionarios públicos y miembros de las fuerzas policiales, y las constantes agresiones durante el cubrimiento de protestas públicas, tanto por parte de los manifestantes como de la policía.

En este distanciamiento entre los poderes públicos y los periodistas, resulta especialmente preocupante algunas acciones adoptadas por los políticos contra la libertad de prensa. El Comité para la Protección de los Periodistas (CPJ) alerta sobre el caso del periodista Daniel Coronell. El 20 de abril, Coronell, director de noticias de Canal Uno de televisión y columnista de la revista Semana, emitió una entrevista con la ex congresista Yidis Medina en la que contaba que funcionarios de alto nivel le habían ofrecido sobornos a cambio de su voto a favor de la reforma constitucional que le permitió a Uribe su reelección en 2006 para un segundo mandato de cuatro años. La revelación motivó investigaciones judiciales y parlamentarias de varios funcionarios del gobierno, incluyendo al presidente. El comité parlamentario convocó a Uribe para declarar sobre el tema y en dicha declaración el presidente instó a que se investigara a Coronell, alegando que el periodista había violado la ley al no revelar el delito de modo inmediato. Es necesario mencionar que Coronell tuvo que exiliarse del país dos años antes porque había recibido amenazas de muerte por sus investigaciones políticas; posteriormente se comprobó que las amenazas habían sido enviadas desde un ordenador que pertenecía a un congresista del partido de Uribe.

En el apartado judicial, todas las instituciones se felicitan de los avances en la lucha contra la impunidad que reina en Colombia en los crímenes contra periodistas. Si bien estos son muy leves, se espera que sea el primer paso para acabar con la desprotección a los periodistas. En agosto, la fiscalía general ordenó del arresto de Augusto Rojas Ortiz, presidente de la legislatura local en el departamento sureño de Huila, después de que las autoridades afirmaran que habían encontrado evidencias que lo vinculaban con el asesinato en 1998 del reportero Nelson Carvajal. El fiscal general también ordenó el arresto de dos combatientes de las FARC en relación con el crimen, informa CPJ.
Además de este caso, FLIP señala avances en los juicios por los asesinatos de Hernando Rangel Moreno, en 1999; Gustavo Ruiz Cantillo, en 200; y Martín La Rotta Duarte, en 2004. Otra buena noticia fue la liberación, por parte de la guerrilla del ELN, del periodista Mario Alfonso Puello de Radio Delfín en La Guajira, el 19 de junio, secuestrado cuatro meses antes, según informa la Sociedad Interamericana de Prensa.
A pesar de toda esta información, las instituciones que monitorean la libertad de prensa en el país han coincidido en destacar varios hechos especialmente novedosos y preocupantes para la labor de los periodistas en el país. CPJ insiste en el riesgo que supone para los periodistas que se les relacione con la guerrilla y afirma que, de forma mayoritaria, los medios han apoyado las acciones emprendidas por el gobierno para acabar con ellas. Sin embargo, es tajante al explicar que el gobierno no ha asumido las críticas periodísticas en su gestión y que ha tomado varias medidas que han puesto en claro peligro a los profesionales de la información.
En primer lugar, en la acción militar contra la guerrilla en territorio ecuatoriano en marzo, en la que fue asesinado el segundo de las FARC Raúl Reyes, se encontró un ordenador en que había información de dos periodistas brasileños por lo que se inició una investigación sobre la relación de estos con los guerrilleros. Las instituciones que monitorean la libertad de expresión han mostrado su preocupación porque estos datos se hicieran públicos ya que Colombia es un país extremadamente peligroso para el ejercicio del periodismo y aquellos profesionales a los que se relaciona con la guerra afrontan un riesgo aún mayor.

La acción más controvertida para la CPJ ha sido la utilización de la prensa para acercarse a los periodistas que desarrolló el ejército colombiano. En julio se llevó a cabo la acción militar en la que fueron liberados 15 rehenes de las FARC, entre ellos Ingrid Betancour. CPJ ha mostrado una gran preocupación porque algunos de los militares que atacaron a la guerrilla utilizarán acreditaciones de la prensa (entre ellas, la de la cadena venezolana Telesur) para acercarse a los secuestradores. De esta forma, se pone en riesgo a los periodistas y se crea un clima de desconfianza en torno a ellos.