Como su propio subtítulo indica, El Confidencial es un "diario de Información y Opinión" sin referente impreso, cuyos contenidos, gratuitos en su totalidad, se encuentran agrupados según esta diferenciación. De este modo, en la sección "En canal" encontramos la actualidad política, económica, social, cultural, tecnológica, sanitaria y deportiva más destacada.

En el lado de la opinión y bajo el título de "Portada", la sección "El Confidente", la cual proporciona el nombre al medio, se actualiza de lunes a viernes con una única pieza de longitud media, sin firma y sin imágenes la mayoría de las veces relacionada con asuntos políticos, económicos o empresariales. Caracterizada por unos titulares llamativos y un lenguaje cargado de metáforas e ironía, se aproxima en ocasiones a lo anecdótico. Se trata de una sección muy destacada dentro del propio medio, lo mismo que sucede con el apartado "En Exclusiva", que, también sin autoría expresa, recoge primicias e incluso rumores.

"Al grano", de Antonio Casado, y "Con lupa", de Jesús Cacho, director del El Confidencial, son otras secciones que completan la línea editorial del medio, cuya empresa editora es Titania Compañía Editorial S.L., representada en la figura de José Antonio Sánchez.