Edgar Nahoun, su verdadero nombre, era hijo de judíos sefarditas de origen ibérico. En la Universidad de La Sorbona milita en las filas de la izquierda y, años después, durante la Segunda Guerra Mundial, ingresa en el Partido Comunista (1941), donde permanece diez años. Durante el período de resistencia y activismo frente al nazismo, en los que mostró un elevado compromiso político y militar, cambió su apellido Nahoun por Morin.
En 1951 ingresa como investigador en el CNRS, donde trabaja en torno a la 'realidad imaginaria' en la expresión cinematográfica. Publica L’Homme et la Mort (Seuil, París, 1951), Le Cinéma ou l'Homme imaginaire (Minuit, París, 1956) y Les Stars, Seuil, París, 1957. Fundador y director de la revista Arguments (1956-1962).
En 1968 ingresa en la parisina Universidade de Nanterre y escribe en Le Monde sobre la 'comuna estudiantil' (el mayo frances). Imparte docencia en diversas universidades latinoamericanas y en La Jolla, California, donde se acerca a los campos de la cibernética, la teoría de sistemas y la teoría de la información. De vuelta en Francia, se aproxima a Henri Atlan y a su teoría de los sistemas auto-organizados. Forma parte del entorno intelectual y científico del llamdo "grupo de los diez", creado a finales de los años sesenta, en el que figuraban Jacques Robin, Henri Laborit, Henri Atlan, René Passet, Joël de Rosnay, Jacques Sauvan, etc. Durante un tiempo trabaja con Jacques Monod.
Doctor 'honoris causa' por numerosas universidades, entre ellas las de Milán, Tecnológica de La Paz (Bolivia), Cosenza, Perugia, Palermo, Libre de Bruselas, Dodense, Católica de Porto Alegre, João Pessoa, Instituto Piaget de Lisboa, etc. Director emérito del CNRS francés y presidente de l'Agence Européenne pour la Culture (UNESCO). Su obra está traducida a las principales lenguas.
Entre sus libros: Méthode, 6 vols., Seuil, Paris, 1977-2004; Relier les connaissances, Seuil, París, 2000; Pleurer rire aimer comprendre, Arléa, París, 1996; La Complexité humaine, Flammarion, París, 1994; Mes démons, Stock, París, 1994; Terre-Patrie, Seuil, París, 1993; Science avec conscience, Fayard, París, 1990; Penser l'Europe, Gallimard, París, 1987; Pour Sortir du XXè siècle, Seuil, París, 1984; Le Paradigme perdu: la nature humaine, Seuil, París, 1973; L'esprit du temps, Grasset, París, 1962-1976; Autocritique, Seuil, París, 1959.