Nació en la Argentina, de padres rusos de confesión judía, se exilió a Uruguay en 1952. Convertido al catolicismo, mostró fuertes convicciones dentro de la corriente de la teología para la liberación y se entregó a la educación y la comunicación como expresión de sus crencias de transformación de la realidad latinoamericana. En 1962 comenzó la producción del programa radiofónico Cristianos sin censura, al que siguieron otros de gran popularidad en distintas naciones de América Latina como El Padre Vicente, diario de un cura de barrio, emitido entre 1969 y 1973, o Jurado número 13, entre 1971 y 1973. Algunos programas fueron traducidos a lenguas indígenas como el quéchua y el aymara. En 1978, durante la dictadura militar uruguaya, se exilió a Venezuela, donde permaneció hasta 1985 y fue coordinador del área de comunicación del Centro al Servicio de la Acción Popular (CESAP), con una intensa labor en pro de la comunicación popular y la educación. En 1985, regreso a Uruguay y participó en la creación la que más tarde sería Facultad de Ciencias de la Comunicación de la Universidad de la República. Dictó cursos de posgrado en varias facultades de Comunicación de Brasil, Colombia y Venezuela, así como en el Centro Superior de Capacitación en Radio de CIESPAL/Radio Nederland de Quito.
Frente a los modelos de comunicación unidireccional, Kaplún buscó sentido a la interacción de las audiencias, dotanto al receptor de capacidad de diálogo, crítica y construcción. Su gran referente continental fue el pedagogo Paulo Freire y es de la combinación de las acciones comunicativas y pedagógicas donde surge la idea de la "educomunicación" y "educomunicador".
Autor de: La comunicación de masas en América Latina (1973), Hacia nuevas estrategias de comunicación en la educación de adultos(1983), Comunicación entre grupos: El método del casete-foro (1984), El comunicador popular (1985), Un taller de radiodrama: Su metodología, su proceso (1985), Hacia nuevas estrategias de comunicación en la educación de adultos (1986), La educación para los medios en la formación del comunicador social (1987), Los Mattelart, hoy: entre la continuidad y la ruptura (1988), Comunicación entre grupos (1990), A la educación por la comunicación. La práctica de la comunicación educativa (1992), Repensar la Educación a Distancia desde la Comunicación (1992), Del educando oyente al educando hablante (1993), Continuidades y rupturas en las búsquedas de un comunicador-educador (1995), Los materiales de autoaprendizaje. Marco para su elaboración (1996) y Una pedagogía de la Comunicación (1998).

Mario Kaplún habla de nuevas tecnologías (1' 30") en Cbuson, ES.